مکتب اصولی محقق نائینی بر مبانی کلامی و فلسفی معینی مبتنی است .
این پژوهش به شیوه توصیفی، تحلیلی و با تکیه بر منابع کتابخانه‌ای ، در پی پاسخ‌یابی این سؤال است که ، مکتب اصولی محقق نائینی مبتنی بر چه شاخصه هایی می باشد؟ نتایج پژوهش نشان می‌دهددر مجموع این محورها شاخصه‌هایی مهم برای مکتب اصولی نائینی می‌توان بدست آورد. اول: نظریه پردازی مانند نظریه متمم الجعل و نظریه تسهیل. دوم: قاعده محوری به معنای بکارگیری قواعد عقلی و فلسفی برای حل مسائل اصولی مثل ارتباط عرض با معروض و اقسام تقابل وجود با عدم و تفکیک قضیه خارجیه از حقیقیه. سوم: تعمیق بخشی به مباحث تحلیلی مثل تفاوت جعل با مجعول و تفاوت علل تکوینی با تشریعی. چهارم: تدقیقات عقلی در مباحث استظهاری که گاه همراه با ابتعاد از فهم عرفی است در مانند مفهوم شرط و وصف و بحث از ماهیت وجوب تخییری. پنجم: انسجام بخشی به مباحث اصولی که هم در بیان مبانی کلامی و فلسفی مباحث اصولی شناخته می‌شود و هم در ترابط بخشی میان مباحث اصولی مانند ارتباط اطلاق مقامی با متمم الجعل