از جمله عناصری که مجتهد باید آن را در فرآیند اجتهاد لحاظ کند، عرف و سیره عقلا است. میزان تاثیر عرف و سیره عقلا در استنباط احکام به چه میزانی است؟ تبیین این مهم ما را از نگاه افراطی یا تفریطی به این دو عنصر حفظ می کند. این دو عنصر از منابع مجتهد نیستند؛ اما مرجع هستند. عرف در تشخیص مفاهیم مرجع است؛ همچنین موضوعات شرعی ای که از جانب شارع حدود آن تعیین نشده بر عهده عرف است و در تطبیق آن تسامحات عرفی مجال دارد. محقق نایینی ارتکازات عرفی را همواره در نظر دارند و یکی از تمایزات ایشان در بحث عرف نسبت به دیگران؛ یکی دانستن عرف با سیره عقلا است.
سیره عقلا استمرار یک عمل نزد عقلاست، قطع نظر از اینکه مربوط به یک ملت یا دین باشد. منشا سیره عقلا اجبار سلطان یا امر نبی یا فطرت پاک مردم است. سیره عقلا فی نفسه حجیت ندارد و به امضاء شارع نیاز دارد. محقق نایینی بر خلاف برخی معتقدند برای کشف امضا شارع نیازی به تصریح او نیست، اگر بنای عقلا تا زمان شارع استمرار داشته باشد و امکان ردع باشد، عدم ردع شارع به معنای امضا است.