شاگردان ایشان همه از نخبگان حوزه نجف اشرف بودند. تعدادشان بسیار ولی به ذکر بزرگانی از آنان بسنده می شود:

۱- میرزا مهدی اصفهانی
۲- سید جمال الدین گلپایگانی
۳- شیخ موسی خوانساری نجفی
۴- سید محمود شاهرودی
۵- میرزا ابوالفضل خوانساری اصفهانی
۶- شیخ محمد علی کاظمی خراسانی
۷- سید محسن حکیم
۸- سید ابوالقاسم موسوی خوئی
۹- شیخ حسین حلّی
۱۰- میرزا حسن بجنوردی
۱۱- میرزا باقر زنجانی
۱۲- شیخ علی محمد بروجردی
۱۳- سید علی مدد قائنی
۱۴- سید محمد هادی میلانی
۱۵- میرزا حسین فقیه سبزواری
۱۶- میرزا مهدی شیرازی
۱۷- شیخ محمد تقی آملی
۱۸- ۱۹- میرزا احمد آشتیانی و فرزندش میرزا محمد باقر
۲۰- میرزا عبدالله تهرانی چهلستونی
۲۱- سید صدرالدّین صدر
۲۲- سید محمد حجّت کوهکمری
۲۳- سید محمد تقی خوانساری
۲۴- سید محمد حسین قاضی طباطبایی
۲۵- سید مرتضی لنگرودی
۲۶- شیخ آقا بزرگ اشرفی شاهرودی
۲۷- شیخ بهاءالدین محلاتی
۲۸- شیخ محمد کوهستانی
۲۹- شیخ عبدالرّزاق قائنی
۳۰- سید علی نقی نقوی هندی
۳۱- سید موسی مازندرانی
۳۲- سید جواد حسینی خامنه ای
۳۳- شیخ محمد ابراهیم کلباسی
۳۴- سید محمد تقی بحرالعلوم
۳۵- شیخ ابو عبدالله زنجانی
۳۶- سید محمود حسینی (امام جمعه زنجان)
۳۷- ۳۸- ۳۹- شیخ محمد حسن مظفر و دو برادرش شیخ محمد حسین و شیخ محمد رضا
۴۰- داماد ایشان سید محمد حسینی همدانی معروف به آقا نجفی
۴۱- فرزند ارشد ایشان میرزا علی آقا نائینی، که در سن ۱۶ سالگی به دستور ایشان در درس اصولشان حاضر می شدند.