فعالیت‌های سیاسی - اجتماعی
- نهضت تنباکو
میرزای نائینی در نهضت تنباکو در کنار میرزای شیرازی بزرگ و طرف مشورت ایشان بودند. مرحوم شیخ حسن کربلایی، هم بحث و دوست صمیمی میرزای نائینی، کتاب (تاریخ دخانیه) را به سفارش ایشان نوشت.
- انقلاب مشروطه
در نهضت مشروطه میرزای نائینی نزدیکترین مشاور آخوند خراسانی بود. متن تلگرافها و بیانیه های خراسانی و تهرانی و مازندرانی به انشاء و خط ایشان بوده است.
ایشان استوارترین متن دینی و سیاسی در مشروعیت نظام مشروطه را در کتاب معروف (تنبیه الامه و تنزیه المله) نگاشتند . در این کتاب با تسلّطی که بر فهم مفاهیم قرآنی و بر قواعد فقهی و اصولی و اطلاع از تاریخ سیاسی اسلام و ملل جهان داشتند نظرات خود را به رشته تحریر در آوردند.
آقایان آخوند خراسانی و مازندرانی دیدگاه های ایشان را با تقریظ بر کتاب تأیید و بر آن صحّه گذاشتند.
- جهاد علیه بیگانگان در عراق
ایشان در سال ۱۳۳۳ قمری در زمره علمایی بودند که با اعلان جهاد علیه اشغالگران انگلیسی در جبهه های جنگ حضوری جدّی داشتند.
پس از جنگ جهانی اول و استقلال کشور عراق، با به قدرت رسیدن ملک فیصل توسط انگلیسی ها، و اعلان انتخابات عمومی برای تشکیل مجلس مؤسسان، میرزای نائینی همگام با علمای دیگر به مخالفت با ان برخاست و شرکت در انتخابات را تحریم نمود. فیصل و حامیان خارجی او که برگزاری انتخابات را در چنین وضعی ناممکن می دیدند به زور متوسل شدند، و شیخ مهدی خالصی را که بر این تحریم اصرار و پافشاری داشت به حجاز تبعید کردند. میرزای نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی به عنوان اعتراض به تبعید خالصی تصمیم بر ترک عراق و حرکت به سوی ایران گرفتند. دولت عراق عکس العملی نشان نداد و خود آقایان را تا مرز ایران هدایت کرد.
میرزای نائینی و هیئت همراه پس از ورود به ایران و عبور از شهرهای کرمانشاه و همدان و اراک که با استقبال پر شور طبقات مردم شهرها همراه بود، در روز جمعه ۴ محرم الحرام ۱۳۴۲ قمری برابر ۲۵ مرداد سال ۱۳۰۲ شمسی با استقبال گرم آیة الله حائری یزدی مؤسس حوزه علمیه قم وارد شهر مقدس قم شدند.
و خود آقای حائری پذیرای آقایان بودند. آیة الله حائری درس خود را تعطیل و از شاگردان خود خواستند تا در درس میرزای نائینی حضور یافته و از ایشان استفاده کنند. اقامت آقایان در ایران ۹ ماه به طول انجامید. سرانجام موانع مراجعت آقایان علماء به عراق برطرف شد، و علمای اعلام در ماه رمضان ۱۳۴۲ قمری برابر فروردین ۱۳۰۳ شمسی مراجعت نمودند.