میرزا محمد حسین غروی نائینی در ۲۵ ذی القعده سال ۱۲۷۶ قمری برابر ۲۴ خرداد سال ۱۲۳۹ شمسی در شهر نائین و در خاندانی فاضل و محیطی روحانی و خانه ای پر مهر و عطوفت قدم به عرصه گیتی نهاد، و با قدوم مبارک خود آن خانه را رونق و صفایی افزون بخشید. پدر ایشان حاج میرزا عبدالرحیم شیخ الاسلام عالمی محترم و روحانی جلیل القدر بوده، و جدّ ایشان میرزا محمد سعید شیخ الاسلام، و دیگر اُجدادشان دارای منصب شیخ الاسلامی نائین -که منصبی دینی و از سوی سلطان وقت به آنها واگذار می شده ـ بوده اند. پس از فوت میرزا عبد الرحیم این مقام به فرزند ارشدش میرزا محمد حسین می رسید، ولی ایشان از قبول آن خودداری نموده و در نتیجه به برادرشان میرزا محمد عیسی واگذار گردید. خاندان شیخ الاسلام در نائین از نظر علم و دینداری شهره عام و خاص و زبانزد همگان بودند و خانه ایشان محل رتق و فتق امور و حلّ مشکلات مردم بود. 

• تحصیلات

میرزا محمد حسین تحصیل علم را از کودکی در زادگاهش آغاز کرد و پس از فراگیری مقدمات علوم عربی و متون فقهی و اصولی که قبل از سن بلوغ آنها را تکمیل نموده بود، در ۱۶ سالگی راهی اصفهان شد. پدر ایشان وی را به شیخ محمد باقر مسجد شاهی اصفهانی مجتهد بزرگ و رئیس حوزه علمیه اصفهان سپرد. ایشان مدتی را در منزل شیخ محمد باقر و تحت سرپرستی وی زندگی کرده و سپس به مدرسه علمیه منتقل گردید.

میرزای نائینی پس از اکمال سطوح فقهی و اصولی، نزد سه تن از اساتید بزرگ آن حوزه، تلمّذ نمود: ۱- شیخ محمد باقر مسجد شاهی اصفهانی ۲- فرزند ایشان شیخ محمد حسین مسجد شاهی ۳- میرزا ابوالمعالی کلباسی. 

• هجرت به سامرا

میرزای نائینی پس از ده سال اقامت در اصفهان، و استفاده کامل علمی و معنوی از اساتید بزرگ آن حوزه، و احاطه کامل بر علوم عقلی و نقلی، و احساس بی نیازی از بقاء در آن حوزه مبارکه، ـ و به قصد فراگیری بیشتر دقایق علمی از بزرگترین شاگرد شیخ اعظم انصاری یعنی مرجع بزرگ زمان میرزای شیرازی ـ در سال ۱۳۰۳ قمری راهی سامرا شد و در درس ایشان شرکت نمود. 

میرزای شیرازی همین که از هوش سرشار و نبوغ این جوان اطلاع یافت وی را مورد عنایت خاص خود قرار داده و در امور مهم اجتماعی همگام با سایر بزرگان آن حوزه مجلّله طرف مشورت خود قرار می داد. ایشان ده سال در سامرا از وجود پر برکت استاد معظّمشان استفاده وافر نمودند. 

میرزای شیرازی در اواخر حیاتشان که به علت کهولت سن درسشان تعطیل شده بود از شاگردان جوانشان خواستند که در درس شاگردان برجسته خود حضور یابند. بدین سبب میرزای نائینی در درس آقای سید محمد فشارکی و آقا سید اسماعیل صدر حاضر می شدند. 

پس از فوت میرزا در سال ۱۳۱۲ قمری، و بر اثر پراکندگی حوزه سامرا، میرزای نائینی همراه با آقای صدر به کربلا منتقل و پس از دو سال اقامت در آنجا راهی نجف اشرف شدند. 

ایشان در نجف در درس کسی حاضر نشدند و خود به تحقیق و تدریس پرداختند. ایشان شدیداً مورد توجه و اعتماد آقای آخوند خراسانی قرار گرفتند و طرف مشورت ایشان بودند. آقای آخوند در مسائل علمی و امور مهم اجتماعی و سیاسی از ایشان کمک می گرفتند.

• وفات