ایشان در مدت زندگیشان در نجف اشرف به درس کسی حاضر نشده، و خود مشغول بحث و تدریس و تحقیق و تجدید مبانی اصولی و قواعد فقهی ـ بخصوص قواعد معاملات ـ بوده و از نو پایه های قواعد اصولی و فقهی را محکم و متقن نمودند تا جایی که ایشان را (مجدّد علم اصول) دانستند. 

آراء و افکار ایشان در حوزه های علمیه نجف و قم مورد بحث و نظر فضلاء و مدرسین قرار دارد. ارتباط ایشان با مرحوم آخوند خراسانی ـ همانگونه که گفته شد ـ بسیار صمیمی بوده، آن مرحوم اعتماد و اعتقاد ویژه ای به آراء و انظار ایشان داشته و در امور مهم اجتماعی و سیاسی ایشان را طرف مشورت خود قرار می دادند. 

و آنچه گفته شده که ایشان در مجلس استفتاء آقای آخوند شرکت می نمودند صحت ندارد. مطلب چنین است که آقای آخوند به علّت کثرت مشاغل گاهگاهی مجموعه ای از استقتاءات را برای ایشان می فرستادند تا ایشان خود جواب مرقوم دارند سپس توسط خادم عودت دهند. 

• تدریس

ایشان از بدو ورود به نجف اشرف به تدریس در منزل پرداختند. و از سال ۱۳۳۰ قمری تدریس ایشان رسمیت یافت و فضلای کامل و مبرّزی حضور می یافتند. 

دوره های اصول ایشان هفت ساله بوده، سه دوره اصول تدریس نمودند، و در فقه دو دوره مکاسب و یک دوره صلاة بحث نمودند. 

• نوآوری در اصول

نوآوریهای ایشان در علم اصول بین فضلای حوزه ها مشهود است بدان حدّ که ایشان را (مجدّد علم اصول) نامیدند. مبانی جدید محکم و متقن ایشان تحولی در حوزه نجف اشرف ایجاد کرد، همچنین انتشار آن مبانی در حوزه مشهد مقدس توسط شاگرد بلند آوازه شان میرزا مهدی اصفهانی موجب تحول گردید. 

• مرجعیت

ایشان بعد از وفات میرزا محمد تقی شیرازی و شیخ الشریعه اصفهانی مرجعیت را به عهده گرفتند، و همزمان با سید ابوالحسن اصفهانی متکفل امور مرجعیت شدند. مرجعیت میرزای نائینی در میان فضلای حوزه بیشتر از اصفهانی بود و مرجعیت اصفهانی در میان عامه مردم.